V období nástupu humanistických a renesančných myšlienok v roku 1508 vznikla v Bardejove humanistická škola, ktorá si získala slávu v celom Uhorsku hlavne za pôsobenia jej rektora, bardejovského rodáka, Leonarda Stöckela.. Túto školu viedol od roku 1539 s krátkou prestávkou 21 rokov. Vyučovali tu aj ďalšie významné osobnosti – V.Eck, T.Fábry, E.Ladivert, J.Schwartz.

V období rekatolizácie koncom 17. st. vyhnali evanjelických duchovných učiteľov z mesta, a to bol jeden z dôvodov úpadku bardejovskej evanjelickej školy. Oživenie nastalo až v roku 1781 po vydaní tolerančného patentu Jozefom II.

Od roku 1806 preberá výchovno-vzdelávaciu funkciu v meste štvortriedne gymnázium. K výraznému pomaďarčovaniu školstva došlo v r. 1896, keď vzniklo maďarské Kráľovské štátne gymnázium, ale pre slabý záujem študentov bolo v r.1915 zatvorené. Bardejov zostal dlhé roky bez strednej školy, i keď Bardejovčania sa viackrát obrátili na vládu ČSR o jej zriadenie v Bardejove.

V decembri 1936 rada mesta Bardejova opäť zaslala žiadosť vláde o zriadenie gymnázia a od 1. 9. 1937 sa začalo sa vyučovať na štátnom reálnom gymnáziu.

Politické zmeny v štáte sa odrazili aj na vývoji školy. V 50. a 60. rokoch reformy v oblasti školstva viedli k postupnému splývaniu gymnázií so strednými školami a učištiami. V roku 1960 vznikla Stredná všeobecno-vzdelávacia škola, v r.1965/66 sa zaviedlo štúdium prírodovedného a humanitného zamerania a v roku 1969 sa opäť zmenili na štvorročné gymnáziá. V súvislosti s realizáciou Projektu československej výchovno-vzdelávacej sústavy sa začalo od školského roka 1983/84 na gymnáziu s výukou odborných predmetov – základy ekonomiky a organizácie, základy technickej chémie, základy strojárstva, základy poľnohospodárskej výroby a programovanie.

Osemdesiate roky sa nesú v duchu modernizácie školy. Získali sa investície na dobudovanie materiálno-technického zabezpečenia školy. Bola vybudovaná školská jedáleň, zrekonštruovaná kotolňa, k telocvični bola pristavená posilňovňa. V súvislosti s odchodom žiakov základnej školy do vlastnej budovy sa získali ďalšie priestory, ktoré sa využili na dobudovanie moderných učební a laboratórií v škole – pre fyziku, chémiu, biológiu.

Závažné spoločensko-politické zmeny v novembri 1989 sa odrazili aj v živote školy. Predovšetkým sa zmenila koncepcia výchovy a vzdelávania s dôrazom na demokratizáciu a humanizáciu. Od roku 1990 k nám prichádzajú vyučovať cudzie jazyky zahraniční lektori, 56 študentov našej školy absolvovalo ročné štúdium v USA, Nemecku, Švajčiarsku, Holandsku, Kanade, JAR a úspešne reprezentovali a reprezentujú našu školu, ale aj mesto a republiku.

Zoznam riaditeľov školy:
Pavol Dianiška 1937–1938
Andrej Selecký 1938–1939
Pavol Dianiška 1939-1940
Viliam Holuby 1950–1953
Alexej Farinič 1953–1954
Viliam Holuby 1954–1958
Michal Rohaľ 1958–1965
Andrej Kokuľa 1965-1970
Albert Marcin 1970–1990
Mária Reviľáková 1991–1999
Vladimír Savčinský 1999–2004
Marcel Tribus od roku 2004

Historický vývoj školy